ほぼゲーム世界のままですが、一部特殊な設定がついています。人間とポケモンが、住みかをわけつつも協力し合って生きています。 以下の3つの時空が、繋がって、一つの世界を形成しています。
生きとし生けるものが生活する時空(ゲーム中の主人公が旅する世界とほぼ同じ)。自宅子の殆どがここに所属しますが、彼らにその自覚はありません。 そっくりな地形を持つ並行世界が二つ重なってできている世界で、片方は人間とポケモンが共存しており、もう片方ではトレーナーによってボックスに預けられたポケモンが暮らしています。二つの世界はボックスシステムでのみ繋がっています。
ボックス世界のポケモン達は、人間世界とそっくりに形成された街で、トレーナーから支給された食糧等で人間とほぼ同等の生活をしていますが、人間世界のポケモン達は、森の中などで原始的な生活をしています。
ポケモンの社会の中では最近まで貨幣の概念がなく、全て物々交換で取引がなされていました。
人間たちのほとんどは、ポケモンの血の混ざった「ヒト」であり、 ポケモンたちのほとんどにも「ヒト」の血が流れています。
かつて ポケモンは特殊な能力の使える「ヒト」のような形をした存在であり、 「ポケモン」の形にもなることのできる生き物でした。 生まれた子にはポケモンに近い者（現在のポケモン）とヒトに近いもの（現在のヒト）がおり、 前者を獣人といい、後者を人といいました。 しかし、いつからか人は人同士、獣人は獣人同士でのみ婚姻がなされるようになったため、 人には獣人の能力がなくなってしまいます。 この頃から人はヒト、獣人は獣と呼ばれるようになり、 ヒトには獣が現在の「ポケモン」の形でしか映らず、かつての「獣人」型が見えなくなりました。ただし、獣にはヒトがヒト型に見えています。
モンスターボールが開発されるようになると、獣はポケットモンスター、 ポケモンと呼ばれるようになりました。
現在も上記の歴史の流れを継いでいるため、特殊な事情がない限り、人間はポケモンをヒト型で認識することができず、ことばも直接は通じません。 人間の文字・ポケモンの文字が別々に存在しており、まれに人間の文字を操れるポケモン、ポケモンの文字を操れる人間がいます。
ポケモンは、普段生活しやすいヒト型でいます(人間にはポケモンの姿に見えています)が、バトルの際などは ポケモン同士でもポケモンに見える姿に変身します。
ヒト型は、年月が経つ・レベルが上がるにつれゆっくりと成人に近い姿になります。 進化するごとに大きく成長しますが、ある程度経つと急激に成長することはなくなります。 寿命は種族ごとに様々です。(原型に依拠して、人間の暦で10年～です。)
ヒトに捕獲されたポケモンは、手持ちにいない（ボックスに居る）場合、 ボックス世界の、トレーナーの故郷近くに住んでいます。 同じ家に住むのは、トレーナーが手持ちに長く連れた者同士が殆どです。 たとえばヒカリの手持ち7匹がボックスにいる場合、ボックス世界のフタバタウン近くの家に7匹で住んでいます。 例外的に、シラベはボックスを利用していないので、連れていない間、手持ちたちは人間世界で野生のポケモンのように生活しています。)
いわゆる、神様と呼ばれるポケモン達と、その配下が暮らしている世界です。 すべての世界の空とつながっていて、 現世やほかの空間の管理を行っています。 基本的に、建物以外は森となっています。 配下は彼世で天上に来るよう裁かれた者で、タイプごとに仕事を与えられています。
天上にはいくつか施設があります。
神々とその部下が仕事をするところ。といっても高位の神ほど仕事は部下任せにしています。 ルセは世界全体の管理を、アル・ルキアは全世界の物質の供給、 ティナは死者を導く仕事をしています（ほかの神々も多分仕事をしています）。 現世や彼世へは、移動用の扉から入ることができます。 現世に器をもつ七神(ルセ、アル、ルキア、ティナ、シュク、マーノ、トルム)は、神殿で眠ることで現世の自分の器に戻ることができます。 さらに、それぞれの持つ自分専用のの空間からは、どの世界のどの場所にも一瞬で行くことができます。 生き物の信仰次第であたらしく生まれる神は、神殿の中に発生した核の状態で育っていきます。 ある程度成長するまで扉を使えず、正しく世界を渡ることができません。
神々の部下が生活する場所です。 部下たちは(あく・ゴーストタイプを除き)滅多に現世や彼世に行くことはありませんが、彼らはほかの世界に器をもたないため、長くほかの世界にいられません。 現世に送る物資の倉庫などもここにあります。 部下は不老ですが、長めの寿命があります。寿命を終えると死亡して、やぶれたせかいに行って審判を受け、現世に転生します。 また、部下たちは特別に天上にいられる代償として、守らなければならない誓約をそれぞれ持っています。 前世の影響で個人ごとに決まっており、破ると寿命に関係なく転生してしまいます。 天上の人口の増減が狂ってしまうため、部下たちは生殖能力が失われています。
無人で動く遊技場です。遊園地からカジノまで様々なものがあります。 また、この地区にある3つの丘からは、普通には行くことのできないほかの世界を見ることができますが、落ちたが最後、天上には戻れなくなってしまいます。 そのため立ち入り禁止になっていますが、下界を覗こうとする者が後を絶ちません。 神は例外的に戻ってこられますが、落ちた先の世界で試練を受けることとなります。 (天上 罪持ち となっている子が、ここから堕ちた経験のある神様です) ルセが世界を作った時、世界のゆがみを押し込めたことでできてしまった場所です。
現世や天上から来た死者に、冥界神であるティナが審判を下す場所です(そのためティナはほぼ天上にはいません)。 現世での行いとやぶれたせかいでの行動を判断材料にして、来世や行く空間を決定します。 有能でほしい人材は天上へ、善人は現世へ転生しますが、悪人はここで試練を受けるか天上の丘から突き落とされるかしてからでないと現世に転生できません。
死者は、オスクーロを筆頭とするあくタイプの配下達によって、やぶれた世界まで連れて来られます。 その後、オスクリダを筆頭とするゴーストタイプの配下達に道案内をされ、やぶれたせかいという迷路を歩かされます。 長さや険しさは現世での行いによって変化します。そこでの行動はオスクリダたちによって記録され、彼世での審判の判断材料となります。 現世の者が干渉できることもまれにありますが、そこで誰かに会えるということはほとんどありません。
虫タイプの部族の多くが持つ、成人を正式に認めるための通過儀礼。 踊りを競うものが主流だが、部族によって様々。 機会が1回限りのところもあれば、何度でも挑戦できるところもある。 行う理由も様々だが、外の世界に出て一人でもやっていけるかどうかを試しているという説が有力。 儀式のあるキャラクターについては、それぞれの設定ページ参照。
自宅世界では、色違いの黄色と色違いの紫が対立しています。互いの色を嫌悪することが無意識に行われています。
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